Hoci vodoznaky ponúkajú mnoho výhod, existujú aj určité výzvy spojené s ich použitím. Jednou z hlavných výziev je zabezpečenie, že vodoznak neovplyvní estetickú alebo funkčnú hodnotu digitálneho diela. Taktiež, s neustálym rozvojom technológií, vznikajú nové metódy, ktoré sa snažia obísť alebo odstrániť vodoznaky, čo vyžaduje neustálu inováciu a vylepšovanie techník na ich ochranu. Budúcnosť vodoznakov spočíva v zlepšovaní ich neviditeľnosti, odolnosti a schopnosti integrovateľnosti do čoraz sofistikovanejších digitálnych formátov.

Vodoznaky tak zostávajú kľúčovým nástrojom v ochrane digitálneho obsahu a zabezpečení autorských práv, čím prispievajú k udržaniu integrity a pôvodnosti diel v neustále sa meniacom digitálnom svete.